商铺出租税的支付方式如下：
营业税及附加：租金收入乘以5.55%。
房产税：租金收入乘以12%。
个人所得税：租金收入减去维修费用（每次不超过800元）后的所得部分乘以20%。
印花税：租金总额乘以0.1%，并在第一次缴税时一次性缴纳。
土地使用税：按房屋地段每平方米征收，具体税额以代征机关实际征收为准。
租赁合同中可以约定由承租人承担商铺租赁税。
建议
明确责任：在签订商铺租赁合同时，应明确双方对税费支付的责任，避免后期纠纷。
咨询当地税务机关：不同区域可能存在不同的征收方法，建议在签订合前咨询当地税务机关或实际代征网点的工作人员，了解具体的税率和征收方式。
保存凭证：在支付税费时，应妥善保存相关凭证，以备后续查询和核对。
